Gabedit

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作者或出品公司: 
不详
最新版本: 
2.4.10
评分: 
3

简介  
Gabedit用C语言写成,基于GTK+,是远程或本地运行的Gaussian 98/03,GAMESS-US,MPQC,Molcas和Molpro 2000/2002,Q-Chem,Dalton等计算化学软件包的图形接口。它可以作为3D分子编辑器和浏览器,创建分子模型,显示分子模型和分子轨道,以及产生和编辑Gaussian,GAMESS-US,MPQC,Molcas和Molpro程序的输入文件。Gabedit支持大多数主要的分子文件格式,图形可以用多种格式输出。

功能  
产生和编辑Gaussian,GAMESS-US,MPQC,Molcas和Molpro程序的输入文件,哪怕是一些非常复杂的计算类型。
从MOLPRO输出文件,Gaussian输出文件,Gaussian立方文件,MOLPRO立方文件 ,Molcas立方文件,Molcas M2MSI文件,Molden文件或Gabedit文件加载分子轨道。
从Gaussian立方文件,Molcas立方文件,Molcas M2MSI文件或MOLPRO立方文件加载电子密度,或者从MOLPRO输出文件,Gaussian输出文件,Molden文件,Gabedit文件的轨道加载电子密度。
从ADF 2004输出文件读取振动频率和简正振动模式。
显示Dalton输出文件的几何优化过程。
从Dalton输出文件读取简正模式,并用动画显示。
显示GAMESS-US输出文件的结构收敛,创建简正振动模式的动画,提取轨道、电荷和偶极矩,显示双键和三键。
从MOLPRO输出文件读取虚频的简正振动模式。
从Gaussian立方文件或MOLPRO立方文件加载密度的拉普拉斯量。
从Gaussian立方文件加载静电势。
使用Gabedit文件的轨道计算分子密度与原子密度的差。
使用Gabedit文件的轨道计算原子密度。
产生图形文件,格式有:postscript,BMP以及PPM。
绘制和显示3D分子模型。支持的分子结构文件类型有:Gaussian输入文件,MOLPRO输入文件,Molcas输入文件,Gaussian输出文件,MOLPRO输出文件 ,Molcas输出文件,XYZ文件,Gaussian Z-矩阵文件,Mopac Z-矩阵文件,Mol2文件以及Tinker文件。
用Molden文件,Gabedit文件,MPQC,XYZ,MOLPRO或Gaussian输出文件,显示几何优化的收敛过程。
用GabEdit,可以通过本地计算机或者远程计算机执行Molcas,MOLPRO和Gaussian。
支持SSH协议,可以通过SSH远程提交计算任务和观察结果。
生成多肽、核酸、多聚糖结构。
产生纳米管。
用分子力学作简单的单点能和几何优化计算。
读取ADF的TAPE41文件,显示轨道和密度。
显示两个密度的差。
支持大多数常见的分子作表文件格式,另外还包含Open Babel工具,用于不同格式相互转化。
绘制红外-拉曼光谱图。
产生povray文件,用于显示结构(原子和成键),表面(包括颜色),等高线图,和颜色编码的平面。
自动产生一系列图片或单独的MNG或GIF格式文件,用于演示动画(振动、几何优化收敛,转动,等高线,颜色编码的平面)
Gabedit 2.0.9的新功能:
1. 显示IR,Raman和UV/Visible光谱的窗口
2. 支持Q-Chem
3. 部分支持PC-Gamess

Gabedit 2.1.7的新功能:
1. 支持Mopac 2007

Gabedit 2.2.0的新功能:
1. 所有关于结构改动可以撤销/反撤销
2. 从gabedit,hin,pdb,mol2,和mol文件读取原子连接
3. 用MM势(Amber 99)或半经验方法(使用OpenMopac或PCGamess)进行分子动力学构象搜索
4. 结构和二维xy曲线可输出为eps,ps,pdf,svg文件
5. 支持最新版本PCGamess/Firefly

Gabedit 2.2.6的新功能:
1. 支持Orca
2. 支持新版本PCGamess/Firefly
3. 计算AIM电荷【参见W. Tang et al J. Phys. Cond.. Matt. 21, 084204(09)】
4. 分子动力学构象搜索使用MM势(Amber 99)或半经验方法(Open Mopac或PCGamess)

GabEdit 2.3.1的新功能:
1. 从Gaussian的fchk文件读取轨道,结构,和简正模式
2. 在MD模拟中固定键长
3. 用MM势做部分优化
4. 等高线图绘制工具
5. 用OpenMP实现并行化

Gabedit 2.4的新功能:
1. 支持NWChem
2. 支持本地的windows版GAMESS
3. 从AIMALL文件(.sum)读取结构和电荷
4. 计算电子对径向分布
5. RMSD工具
6. 从ADMP的输出读取偶极矩,并计算自动关联偶极函数
7. XYPlot窗口加入离散傅立叶变换工具

Gabedit 2.4.8的新功能:
1. 修复了从fchk文件读取d,f,...轨道基组的Bug
2. 对CT计算lambda诊断(Peach et al. J. Chem. Phys. 128, 044118 (2008))
3. 对称化分子
4. 读取:Gamess U-TDDFT计算的UV-Visible谱;Q-Chem输出文件的Raman谱;Gaussian (D01)输出文件的非谐IR谱(VT2);Gamess输出文件的非谐IR谱(VSCF,VSCF-PT2)
5. 从GENNBO文件读取轨道
6. 部分支持Psi4:输入文件,结构,频率,UV谱
7. NCI分析(Johnson et al., J. Am. Chem. Soc. 132, 6498 (2010))
8. 电荷转移激发进行空间范围的分析(Le Bahers et al., J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2498–2506) 

Gabedit 2.4.10的新功能:
1. VASP工具:从OUTCAR文件读取结构;从POSCAR文件读取结构;创建POSCAR文件;从xml文件读取介电函数并计算光学性质;从vasprun.xml读取数据并绘制DOS,pDOS,及能带结构
2. 从ORCA的.hess文件读取Hessian
3. 读取Hessian后,计算频率,振动模式,及有效质量
4. 支持Tv(Gaussian和Mopac的周期体系)
5. 支持DeMon2K