Jaguar

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最新版本: 
9.2
评分: 
4

Schrödinger Suite的量子化学计算模块。

功能  
并行计算
    能运行在大多数共享内存的平台上,还可用在IBM SP2上。
波函和能量
    限制和非限制的Hartree-Fock(RHF,UHF,ROHF)
    Møller-Plesset二级微扰理论(MP2),包含冻结核选项
    局域Møller-Plesset二级微扰理论(LMP2),包含冻结核选项,和对闭壳层和开壳层的“局域局域”MP2
    对过渡态和芳香环系统的LMP2计算,自动去局域化
    波函的Pipek-Mezey或Boys局域化
    密度泛函理论(DFT),包括限制和非限制DFT
    用于大规模DFT计算的快速多极方法
    用于开壳层和闭壳层的广义价键(GVB),最多50个GVB对。
    用于开壳层和闭壳层的GVB-RCI(限制组态相互作用)
    GVB-LMP2多参考微扰理论;局域-局域GVB-LMP2
    GVB-DFT (GVB波函的post-SCF DFT能量求值)
    CIS用于计算激发态
    分子波函和能量,最多5000个基函数
    用快速赝势积分技术,研究包含镧系元素的体系
    平衡计算
    对有机金属体系,自动进行高质量的波函初始猜测
溶剂物的计算
    对电介质界面使用分子表面,进行自恰量子化学反应场计算
    溶质的HF,DFT,LMP2或GVB波函
    溶液系统的电荷拟合,多极矩,频率,极化率,超极化率,以及其它特性
    多个片断的溶液模拟
几何优化,导数,频率,和过渡态
    内反应坐标
    使用HF,DFT,LMP2或GVB的分析梯度,优化分子结构
    过渡态优化
    HF,DFT,LMP2或GVB波函的溶液相位结构或过渡态优化
    笛卡尔坐标或内坐标的优化
    自动产生内坐标(Z-matrix)
    限制几何优化;动态几何结构限制
    对所有的优化计算默认使用冗余内坐标
    HF,DFT,LMP2或GVB的频率计算(使用二阶导数),用于气相或溶液
    SQM方法用于振动频率的经验定标
    寻找全部过渡态的功能
    势能曲面扫描
基组
    STO-3G,3-21G,4-21G,6-21G,4-31G,6-31G,6-311G,D95V,D95,MSV,cc-pVDZ,以及cc-pVTZ基组,包含f函数,以及极化和弥散函数选项
    有效芯势(ECP)基组,对过渡金属使用Hay-Wadt ECP,镧系金属使用Cundari-Stephens ECP
其它分子特性
    拟合ESP电荷的高级方案
    多极矩(一直到十六极)
    耦合微扰Hartree-Fock (CPHF)极化率和超极化率张量
    红外(IR)强度
    整个体系或部分结构的振动光谱
    热化学特性
    同位素影响
    Mulliken布居数和Mulliken自旋布居数分析
    对一个网格输出轨道、电子密度和势
    Frank Weinhold最后版本的NBO分析
    分子重量和化学计量
算法和收敛方法
    赝光谱和所有的分析方法
    DIIS方法,GVB-DIIS (对GVB和其它计算)
    对过渡金属和GVB计算,自动进行高质量的波函初始猜测和快速收敛算法
    自动识别和使用分子点群对称性,包括非阿贝尔点群
输入和输出文件格式
    MacroModel,BIOGRAF,和GAUSSIAN文件输入选项
    输出选项,产生MOLDEN,gOpenMol,GAMESS,SPARTAN,MacroModel,GAUSSIAN,DelPhi,Grasp和Xmol输入文件
    内含的Babel程序的其它输入输出选项
    自动生成Jaguar restart文件,可以很容易地重新提交任务
    友好的任务提交和管理程序
    易用的脚本语言,用于设置复杂的计算实验
    直接到MOPAC的界面
图形用户界面(GUI)和用户指南
    上面列出的功能可以很容易地从图形用户界面选择
    在工作站和X终端的分子图形显示,使用原子符号,GVB对选项,以及其它显示功能
    GUI显示反应物,产物和过渡态结构
    GUI操纵单个任务或复合任务
    报告生成工具,用于从输出文件中提取数据
    用户指定溶剂,电介质边界,定义DFT混合,输出选项,远程任务提交,以及其它特性
    250页的用户指南,包含完整的索引,以及GUI的在线帮助
Jaguar 6.0的新功能:
    基于任务的全新Jaguar界面完全整合到图形用户界面程序Maestro中
    pKa值合并为工程表中的“特性”
    准确预测NMR屏蔽常数
    使用Maestro的曲面进行静电势的映射和显示
    到f-基函数的解析梯度
    在pKa预测中,使用SMARTS串进行强官能团的识别
    支持用SMARTS模式定制pKa参数和官能团
    用重新拟合的参数,改善了pKa预测的精度
    使用冗余一致排除法,提取MacroModel的构象搜索结果
    Maestro的工程表中自动加入了坐标扫描
    扫描用户定义的坐标
    曲面绘图不再需要重新开始文件
    振动频率计算加速了15%
    在Linux上使用f-函数的赝势SCF计算,以及所有平台上的非赝势计算,加速了25-35%
    增加密度泛函X3LYP,MPW1K,和MPW1PW91
Jaguar 7.0的新功能:
    支持Windows和Linux-IA64
    频率计算并行化
    SM6/CM4溶剂模型
    含时密度泛函理论(TDDFT)进行激发态计算
    在Maestro中显示2D势能面
    新的pKa参数
    改善了python脚本,用于计算氢键体系的结合能
    减少了I/O,提高了大任务的速度
    在Maestro中显示QM分子偶极矩
    若SCF默认标准不收敛,自动用更高的精度设置重新开始
    在优化的每一步之后,可以进行Mulliken布居分析
    把Jaguar输出文件转化为Maestro文件
    用于溶剂化计算的新的溶剂
    用于结构扫描的分子轨道绘图
    LMP2可以进行直到400个占据轨道的计算
    增加了NBO内存上限,支持更大的分子
    比较不同分子的ESP图
    把波函投影到不同的基组上

Jaguar 7.5的新功能:
    PBF溶剂模型可以计算振动频率,NMR屏蔽常数,和极化率
    1D/2D结构扫描任务可以分配在多个处理器上
    加入OLYP和O3LYP密度泛函
    加入任务面板,可以运行补偿计算,以及氢-分子的结合能计算

Jaguar 7.6的新功能:
    M05和M06类泛函的二阶导数计算
    通过MOPAC支持半经验计算(命令行,图形接口,或ScriptCenter)
    改善了平缓势能面的结构优化
    曲面图用于平均局域电离势
    SM8溶剂化模型
    分布式平衡计算
    PBF溶剂化用于TDDFT计算

Jaguar 7.7的新功能:
    DFT的解析电偶极导数和IR强度
    分析分子表面的静电势
    计算和显示Fukui函数

Jaguar 7.8的新功能:
    计算振动圆二色谱,用来确定手性
    显示非共价相互作用
    预测肟的pKa
    计算核的静电势

Jaguar 7.9的新功能:
    在PBF方法中,改善了离子的溶剂化能
    B97-D泛函的一阶和二阶导数
    非共价相互作用的D3校正可以与16种密度泛函进行组合;具有一阶和二阶导数
    分析结构优化的收敛

Jaguar 8.0的新功能:
    加入NBO升级版6.0
    B3LYP-MM考虑色散,π-阳离子,以及氢键相互作用
    B3LYP-LOC考虑非动态关联
    B3LYP-DBLOC预测3d金属化合物的能量
    PBE-ulg泛函研究非共价相互作用
    自动分配振动频率换算因子

Jaguar 9.1的新功能:
    加入长程色散校正泛函:CAM-B3LYP-D3和wPBE-D3
    自动从内坐标转为直角坐标优化,改善结构优化的收敛
    ZORA-SO TDDFT计算结束后打印荧磷光率
    用ZORA计算偶极矩和多极矩
    通过TDDFT数值差分计算激发态频率
 
Jaguar 9.2的新功能:
    通过把振动模式投影到反应坐标来分析过渡态
    新的配置文件可以在输入文件使用宏设定,保证多个计算的设定一致