LocalSCF

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作者或出品公司: 
不详
最新版本: 
2.1
评分: 
3

简介  
LocalSCF程序是在超大蛋白质体系的量子力学模拟方面的一次突破。首次使大型的(原子数在100,000以上)、复杂的真实蛋白质体系能够在PC机上实现量子化学计算,在量子力学的理论级别进行蛋白质模拟需求的硬件资源少,计算相当快。可以免费一个月试用。

功能  
在普通的PC平台上运行。
可以计算超大的十万以上原子的体系。
特别适合于蛋白质体系的快速的高级几何优化方法:
从笛卡儿坐标识别蛋白质结构;高度组织化的结构性质的检查与验证;识别各种分子片(氨基酸骨架,侧链,终端原子,水分子,和平衡离子);定义特殊的分子片或氨基酸序号后,通过直观和易用的界面指定几何优化模式;基于关键字识别和快速优化酶腔内的药物分子。
线性标度的COSMO溶剂化模型:
类似于执行屏蔽模式的连续导体;相对于气相计算而言,增加的内存只需要两倍左右;COSMO模型的几何优化。
快速多极方法:
内存需要很少,特别是对大体系和高精度求解库仑相互作用的计算;对系统资源占用提供灵活的控制。
真正的变分线性标度方法:
对短程局域化分子轨道保留高精度(LMO越短程,需要的RAM越少);用户可以自己控制速度与精度之间的最佳平衡;内置的精度确认机制,允许与特定关键字选项有关的分子特性的比较。
其它功能:
半经验哈密顿量有MNDO,AM1,PM3,PM5;到CAChe和BioAdviser的图形用户界面。

LocalSCF 2005 (2.0)的新功能:
1. MNDO,AM1,PM3和PM5半经验哈密顿量支持d区过渡金属,可用于含过渡金属的酶、DNA等十万原子级别体系的量子力学模拟,进行气相和溶剂环境下的能量、结构优化计算。可以对蛋白质部分使用局域轨道,对过渡金属部分使用离域轨道,以降低计算量。
2. 支持DNA/RNA体系。
3. COSMO溶剂环境。
4. 基于量子力学的对接和积分。
5. 程序的改善:新的初始猜测,更稳定的SCF程序,自动控制内存,重新开始计算,输入和输出PDB格式文件,笛卡尔坐标与PDB坐标格式的转化,分子拓扑,键级分析。