Divcon

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最新版本: 
不详
评分: 
3

简介  
DivCon是线性标度半经验量子力学软件,通过“分而治之”的QM/MM方法,研究大生物分子和配体的分子间相互作用。QuantumBio开发的线性标度QM程序包DivCon,首次使得可以用电子结构方法研究大分子的集合(例如水中的蛋白质和DNA)。

功能  
DivCon包含六个模块,通过线性标度QM研究完整的蛋白质-配体复合物:
DivCon_General模块——包含了强大的分而治之线性标度算法和半经验哈密顿量MNDO,AM1,PM3和MNDO/d,用于计算:态密度分析,分子偶极子,电荷,电离势,HOMO-LUMO能隙,生成热,以及核-核排斥。
QM_Score模块——这一基于评估函数的QM模块可用于研究蛋白质-配体间的亲和能。这不能从当前的评估函数获得,只能根据经验从势和力场方法获得。
QM_NMR模块——这一模块可以研究蛋白质信号屏蔽、配体信号屏蔽的化学位移微扰,以及配体-受体相互作用方法的探测。
QM_Sol模块——这一模块使用QM确定溶剂化自由能,LogP,吉布斯自由能,原子点电荷,以及静电势,对大分子、小分子均可。这些耗时的特性可用于建立基于QM的QSAR和ADME/Tox拓扑指数。
QM_PWD模块——这一模块使用QM仔细分析生物分子间的相互作用,通过研究原子间成对能量的分解,寻找潜在的药物。
QM_Elec模块——这一模块使用QM获得生物分子的原子点电荷(CM1,CM2,Mulliken)和静电势。这些耗时的特性可用于建立基于QM的QSAR和ADME/Tox拓扑指数。