PCMODEL

  • strict warning: Non-static method view::load() should not be called statically in /home/vasp/wwwroot/drupal-6.33/sites/all/modules/views/views.module on line 906.
  • strict warning: Declaration of views_handler_argument::init() should be compatible with views_handler::init(&$view, $options) in /home/vasp/wwwroot/drupal-6.33/sites/all/modules/views/handlers/views_handler_argument.inc on line 744.
  • strict warning: Declaration of views_plugin_row::options_validate() should be compatible with views_plugin::options_validate(&$form, &$form_state) in /home/vasp/wwwroot/drupal-6.33/sites/all/modules/views/plugins/views_plugin_row.inc on line 134.
  • strict warning: Declaration of views_plugin_row::options_submit() should be compatible with views_plugin::options_submit(&$form, &$form_state) in /home/vasp/wwwroot/drupal-6.33/sites/all/modules/views/plugins/views_plugin_row.inc on line 134.
最新版本: 
10.0
评分: 
3

简介  
图形界面程序,利用MOPAC进行半经验计算,并具有显示分子模型的功能。支持多种量化程序的输入格式。

功能  
1. PCMODEL支持的力场有:MMX,MM3,MMFF94,Amber,Oplsaa,可以用这些力场进行几何优化计算。代码的计算前端现已完全重写,可以使用更新的最小化技术,还能使用一阶和二阶导数方法。GMMX的构象搜索程序进行了整合,可以一次搜索四环和五十个可转动键。可以计算简正振动模式。可以使用各种比较方法,输出的结构可以查询键长、键角、二面角和NMR耦合因子。原子数的限制增加到2500个。
2. 与一个或几个子结构以及小分子的对接。
3. 内置的MMX力场具有六十种原子类型和普通参数,以及过渡金属的函数和参数,MMX力场最小化方法能够提供一些市售的最完整的分子模拟工具。对于开壳层体系的分子力学计算,共轭体系的非限制性Hartree-Fock π方法提供了前所未有的精度。标准的RHFπ方法可用于模拟含C、N、O闭壳层体系的模拟。对于特殊的芳香碳类型提供很好的芳香结构,无需做π计算。此外,程序的MM3,MMFF94,Amber和Oplsaa力场包含了现今所有发布的参数。
4. 处理任意多个金属原子,每个结构中最多可以有20种不同金属类型。对于过渡金属化合物,可以用σ成键、孤对配位以及π体系配位进行构建。参数可用于所有的过渡金属。
5. MMX力场可进行包含键角依赖和键长依赖的氢键计算。过渡态建模和动力学模拟只需一个按钮就可完成。
6. 通过编辑参数文件,可以为PCMODEL加入自己的参数,包括键角,键长,扭转常数,以及偶极信息。
7. 显示选项提供用于分子模拟计算的补充信息,包括电荷曲面,实心范德瓦耳斯曲面,水溶剂化曲面。
8. 结构和电荷参数在屏幕上即指即得。
9. PCMODEL可作为量子化学程序前端,目前提供对Gaussian,Gamess,Jaguar,ADF,PQS,Turbomole,Q-Chem,Hondo,Ampac和Mopac的完整支持,通过使用简单的对话框产生这些量子化学程序的输入文件,通过读取计算输出文件显示计算的结构,轨道(需要辅助程序Orbdraw)和简正振动模式(需要辅助程序Vibrate)。
10.PCMODEL还读写用于其它类型分子计算程序的文件:MM2,MM3,MOPAC,Ampac,Gaussian,Gamess,Jaguar,Hondo,TurboMole,Macromodel,Alchemy,Sybyl,Chem-3D,MDL-Mol,ADF,PQS,Tinker,Smiles,PDB,和SDF。
11.OpenGL图形引擎,用于高质量的图形显示。
12.蛋白质,糖和核酸的构建工具。
13.有机金属的有心立场模型。
14.半经验分子轨道计算。
15.制作avi和quicktime格式的电影动画。

Pcmodel 10.0支持Gaussian 09和Mopac2012。