SZYBKI

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最新版本: 
1.8
评分: 
3

简介  
化学分子结构和蛋白质结构优化工具。SZYBKI用Merck Molecular力场优化分子结构,可以考虑溶剂的影响,产生高质量的3D分子结构用于其它程序的输入。SZYBKI还可以修饰蛋白质结构的局部,优化蛋白质活性位内的配体,可以结合对接程序使用。

功能  
1. MMFF94和MMFF94s的能量和优化结构。
2. ZAP的Poisson-Boltzmann模型或Sheffield模型考虑溶剂化影响,用于结合能和结构优化。
3. 蛋白质活性位极性氢或侧链的柔韧性。
4. 蛋白质活性位场内的配位场优化
5. 几种坐标框架(xyz,扭转,等)内的梯度最小化。
6. 每秒完全优化200个药物尺寸的气相分子。
7. 在确定能量和梯度时,可以选择去掉势中的各种项。
8. 束缚坐标。
9. 用OEChem产生全部I/O和分子信息。
10.读写SDF,MOL,MOL2,PDB,MacroModel,XYZ,OEBinary等文件格式。
11.通过PVM,对大多数Unix平台支持并行。