NAMD

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简介  
NAMD,用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场,如Amber,CHARMM和Dreiding,通过数值求解运动方程计算原子轨迹。用于预测生物分子的动力学行为和重要性质,如弥散因子,内聚能,等等。

功能  
任务类型:几何优化(能量最小)和分子动力学(郎之万动力学)。
有效共轭梯度最小化。
周期和非周期MD模拟。
速率重新标度,球边界条件,和谐振原子限制。
恒温MD模拟,恒压MD模拟,热平衡MD模拟。
多时间步。
化学和构象自由能计算。
基于Tcl的脚本。
计算的特性:均方位移和内能分解。