QMMM

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3

简介  
用QM/MM方法进行结构优化,以及计算单点能、梯度,Hessian和简正模式分析的程序。对于每一层计算,QMMM程序包调用QM程序和/或MM程序。QM计算可以使用半经验分子轨道方法,HF和Post-HF,密度泛函理论。静电嵌入计算可以使用所有用原子中心点电荷描述静电相互作用的MM力场,包括AMBER,CHARMM,和OPLS-AA。力学嵌入计算对力场没有任何限制,即使是分布偶极的MM3方法也可以使用。
QM程序包支持GAMESS,Gaussian03和ORCA,MM程序包支持TINKER。由于代码的结构是高度模块化的,因此要调用其它程序可以很容易地修改模块。
QM与MM的边界可以用多种方案处理,包括重新分布电荷(RC)方案,重新分布电荷和电偶极(RCD)方案,极化边界RC(PBRC)方案,以及极化边界RCD(PBRCD)方案。这些方法都使用连接原子饱和QM子体系的悬键,用重新分布MM点电荷模拟MM主原子(称为M1原子)上被连接原子替换的混合轨道。在RCD处理中,对重分布电荷的值以及与M1原子相连的MM原子(称为M2原子)电荷的值作了进一步修改,以保持M1-M2键的电偶极。PBRC和PBRCD方案则在RC和RCD方案的基础上进一步考虑了边界附近QM子体系导致的MM子体系的极化。除此之外,还可以使用其它一些QM/MM边界处理方案,如原始的分子轨道-分子力学统一方案(IMOMM,也即力学内嵌方案ME),直接的静电内嵌方案(SEE),三种消除电荷方案,移动电荷方案。