TINKER

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最新版本: 
7.1
评分: 
3

简介  
TINKER是一些程序的集合,用于进行分子力学和分子动力学计算,以及一些用于生物聚合物计算的特殊功能。注意新旧版本之间的很多计算并不兼容,因为它们的参数文件并不相同。

功能  
1. 目前可以使用的力场有AMBER-94/96,CHARMM27,MM2(1991),MM3(2000),OPLS-AA和OPLS-UA。其它的力场UFF,ENCAD,MMFF和MM4正在构建中。另外,基于极化原子多极静电的TINKER力场也正在开发中。
2. TINKER包含多种算法:较通常方法快的新型距离-结构度量化方法,Elber的反应路径方法,用于全局优化的几种势能曲面平滑和寻找(PSS)方法,高效的势能曲面扫描程序,基于原子多极的静电偶极极化率,用几种不同的广义Born (GB/SA)模型进行连续的溶剂处理,高效简化的Newton (TNCG)定位优化程序,表面面积和体积,简单的自由能微扰工具,简正模式分析,直角坐标最小值,扭转或刚体空间,速率Verlet随机动力学,改善的球面能量截断方法,用于部分电荷的粒子网格Ewald总和,用于极化多极矩的常规Ewald总和,最新的长程静电反应场处理方法,模拟退火,构像寻找,MD的Andersen随机碰撞恒温,等等。
3. 改善的晶体最小化算法。
4. TINKER可以结合RasMol,ChemDraw,Chem3D,gOpenMol,MOLDEN,GAMESS-US和ReView使用。
5. PDB文件可以转化为TINKER文件,使得分子结构的输入有丰富的来源。
6. 对无穷聚合体,如金刚石和石墨进行操作。