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VMD

最新版本: 
1.9.3
评分: 
3

简介  
VMD是分子可视化程序,使用OpenGL提供高质量的3D分子图形。用于显示、动画演示和分析大的生物分子体系。

功能  
原子、分子、残基的数量,以及动画画面的数量,在内存允许的范围内没有任何限制。
多种分子显示方式和着色方法。
立体显示功能。
包含了Babel程序,用于格式转化。支持的格式参见使用手册和Babel。
Tcl语言编写的图形和字符用户界面,用户可以自己编写自程序用于分子的分析。
用户可以用C++编写模块。
整合了NAMD程序,与VMD一起快速稳定地进行分子动力学并行计算,并显示计算结果。
录制轨迹。

VaspView

最新版本: 
1.0
评分: 
3

简介  
科学显示程序包,用于查看VASP产生的输出文件。

VaList

最新版本: 
不详
评分: 
3

简介  
执行键价分析和列表的程序。

VB2000

最新版本: 
2.0
评分: 
3

简介  
从头价键程序,用于(特别是中等尺寸)分子的电子结构计算。既可单独使用,也可以作为第三方程序(如Gaussian)的一个模块使用。英文介绍见文献Int. J. Quant. Chem., Vol 89, 208–216 (2002)。

功能  
进行Hartree-Fock分子轨道计算。
Pipek-Mezey分子轨道局域化。
从头价键方法,包括多重结构VB,自旋耦合VB,完全活性空间VB,局域化电子对VB,VB组态相互作用。
群函数理论。
构造群的活性子空间。
图形用户界面VB2000.NET。
VB2000 1.8的新功能:
1. 把VB2000整合到GAMESS(US)(2005七月版或更高)和Gaussian 98/03中,可以在VB的波函中使用这两个量子化学软件的某些功能;
2. 引入价键轨道(VBO)库文件,用于构造初始VB轨道;
3. 显示VB轨道的图形工具;
4. 对CASVB的VBO加入最大局域化;

Vect

最新版本: 
不详
评分: 
3

简介  
类似于Babel,可以进行不同量化程序间几何结构转换。支持Gaussian92,monstergauss,gamess,molpro,molcas格式。

Vega

最新版本: 
2.3
评分: 
3

简介  
类似于Babel,转换分子模型格式的程序,并有显示和分析分子三维结构的功能。

功能  
VEGA 1.0:
1. 3D引擎和图形用户界面(仅Win32程序)。
2. 支持的输入文件格式:MSI Quanta/CHARMm CRD和DCD轨迹,剑桥数据文件(CSSR),QMC,Gromos,IFF,Mol2,MSI Quanta MSF,PDB,PDBF,Insight II,MoPac内坐标,直角坐标XYZ。
3. 支持的输出文件格式:MSI Quanta/CHARMm CRD,剑桥数据文件(CSSR),Fasta,Gromos,IFF,Mol2,MSI Quanta MSF,PDB,PDBQ,PDBF,简化PDB,Insight II,MoPac内坐标,MSI/Biosym曲面,MSI Quanta曲面,VRML,直角坐标XYZ。
4. 原子电荷分析。
5. AMBER,CHARMm,CVFF,MENG的力场分析。
6. 计算分子曲面。
7. 计算配合基-受体的相互作用能。
8. 求解logP和lipole。

VENUS

最新版本: 
10.4
评分: 
3

简介  
VENUS (Visualization of Electron/NUclear densities and Structures)程序进行晶体结构和电子/核密度(即可以来自X-射线或中子衍射,也可以来自WIEN2k,GAMESS,VASP(或其图形界面MedeA),ABINIT,Gaussian和SCAT的电子结构计算)的3D显示和操作。它还可以显示GAMESS,ABINIT,Gaussian和SCAT计算的静电势和波函。
此外,VENUS还包含两个用最大熵方法(MEM)的程序,用于三维显示电子密度,核密度和Patterson函数。
VENUS由四个独立的程序组成:VEND显示电子密度和核密度,VICS显示晶体结构,PRIMA进行迭代MEM分析,ALBA进行此后的Le Bail分析。

功能  

Tonto

最新版本: 
3.1
评分: 
3

简介  
Tonto是用Foo语言(一种基于Fortran 95的面向目标语言)书写的量子化学程序。

功能  
使用高斯基函数的Hartree-Fock和Kohn-Sham分子计算。
用X-射线衍射数据的约束Hartree-Fock计算。
各种类型的密度图:电荷,自旋,轨道,电流,螺旋电流,无旋电流,电势,ELF密度图,所有类型高斯基的Fermi迁移函数图密度矩阵。
任何晶体子群中无相互作用分子的密度图。
双原子分子的振动平均密度图。
Mulliken和Roby布居分析。
把SCF能量分解为轨道和轨道对的贡献。
分子和势能面的VRML输出。
读取CIF和Gaussian 98的checkpoint文件。
标量和二分量ZORA相对论。
产生波函文件用于AIM分析。
闭壳层分子片的Morokuma能量分解。

ToPMoD

最新版本: 
不详
评分: 
3

简介  
ToPMoD使用Gaussian 92/94/98或GAMESS从头计算产生的波函,对3D网格计算ELF函数。

功能  
包含以下程序:
top_grid:对平行于标准轴的3D网格计算ELF。
top_bas:分配basins。
top_sym:使用对称性操作。
top_pop:计算basin布居和变化。
fast_pop:计算basin布居。
ELF梯度场临界点的定位可以用top_search程序。
最后产生用于显示的文件:
bas_to_bas:如果需要的话,改变basins分配。
bas_to_syn:按照basins类型分配。
sbf_to_stf:产生SciAn的stf文件。
sbf_to_v5d:产生Vis5D的v5d文件。
sbf_to_cube:产生Molekel的cube文件。

TRITON

最新版本: 
4.0
评分: 
3

简介  
蛋白质变异模型和评估其活性的X Window图形界面软件。包含MOPAC插件。

功能  
TRITON 3.0的功能:
新的模块:量子化学计算模块MOPAC 7.01,MODELLER 6v2
对几何优化,单点能以及过渡态的MOPAC计算,新增加优化向导
增加到MOPAC2002的端口,能进行MOZYME和PM5计算
设置和运行连续的反应(仅用于MOPAC2000和MOPAC2002)
可以把每个MOPAC计算的结构保存为单独的.pdb文件
可以同时驱动一个体系内的两部分原子距离,每一部分的扫描步长可以不同。
添加“选择临域”选项。加入了这个选项的反应向导和优化向导可以简化对原子和整个残基的选择,只需要指定距离来选择原子/残基
新的静电变化图可以显示:(1)所选原子的部分电荷或整个残基的电荷在模拟反应过程中的变化;(2)在反应过程中所选原子/残基之间的静电相互作用能的变化。
改善了残基相互作用图,可以显示所选残基对特定原子的静电相互作用能。

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