• strict warning: Non-static method view::load() should not be called statically in /home/vasp/wwwroot/drupal-6.33/sites/all/modules/views/views.module on line 906.
  • strict warning: Declaration of views_handler_argument::init() should be compatible with views_handler::init(&$view, $options) in /home/vasp/wwwroot/drupal-6.33/sites/all/modules/views/handlers/views_handler_argument.inc on line 744.
  • strict warning: Declaration of views_plugin_row::options_validate() should be compatible with views_plugin::options_validate(&$form, &$form_state) in /home/vasp/wwwroot/drupal-6.33/sites/all/modules/views/plugins/views_plugin_row.inc on line 134.
  • strict warning: Declaration of views_plugin_row::options_submit() should be compatible with views_plugin::options_submit(&$form, &$form_state) in /home/vasp/wwwroot/drupal-6.33/sites/all/modules/views/plugins/views_plugin_row.inc on line 134.

去掉GaussView 3.07启动警告窗口的完整解决方案

软件名称: 
GaussView

不少人都习惯用Linux的Gaussian做计算,而用Windows的GaussView看结果,因此很多人在Windows上并不装Gaussian。但这样一来,Windows的GaussView启动时就会出现警告窗口。很久以前我提出了一个去掉GaussView 3.09启动警告窗口的完整解决方案,参见厦大论坛上的帖子:http://ctc.xmu.edu.cn/cgi-bin/view.cgi?forum=3&topic=4572 。但是,这个解决方法却不适用于3.07版本的GaussView。后来,有人提出了针对3.07版本的部分解决办法,但这个办法只能去掉第一个窗口,也就是Gaussian98序列号警告信息(“Failed to locate Gaussian serial number”),参见:/Experience/VisualizationProg/GaussView/200604/1106.html 。而如何去掉其他警告窗口(“Failed to locate main Gaussian directory”,“Failed to locate .ini file in Gaussian directory”以及“Failed to locate main Gaussian executable files in Gaussian directory”),则尚未解决。为此,本文提出了一个去掉GaussView 3.07启动警告窗口的完整解决方案,与大家共享。

用awk和gnuplot可视化VASP计算材料的能带结构(以Pt金属为例)

软件名称: 
Gnuplot
软件名称: 
VASP

VASP是固体物理程序中非常稳定,性能优秀的软件之一,被广泛的用于固体性质的计算。在这里,我们以Pt金属为例,介绍如何用VASP计算并且可视化VASP的能带计算结果。进行能带计算首先要进行正常的自洽的计算。主要目的是得到能带计算所需要的基态的电荷密度文件。所以必须保证LCHARG=.TRUE.。可以用如下的INCAR文件和KPOINTS文件。

INCAR

Pt-bulk

PREC  = High

NSW    = 50        number of steps for

IBRION =2         conjugate-gradient

ISMEAR =  1

SIGMA = 0.2

VASP

作者或出品公司: 
不详
最新版本: 
5.4.1
评分: 
5

VASPVASP

VASP是使用赝势和平面波基组,进行从头量子力学分子动力学计算的软件包,它基于CASTEP 1989版开发。VAMP/VASP中的方法基于有限温度下的局域密度近似(用自由能作为变量)以及对每一MD步骤用有效矩阵对角方案和有效Pulay混 合求解瞬时电子基态。这些技术可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切问题,而后者是基于电子、离子运动方程同时积分的方法。离子和电 子的相互作用超缓Vanderbilt赝势(US-PP)或投影扩充波(PAW)方法描述。两种技术都可以相当程度地减少过渡金属或第一行元素的每个原子 所必需的平面波数量。力与张量可以用VAMP/VASP很容易地计算,用于把原子衰减到其瞬时基态中。

GaussView高级技巧(二): 纯手工搭建富勒烯C20

软件名称: 
GaussView

本文展示了如何利用GaussView 纯手工搭建富勒烯C20分子。

前面我们已介绍了GaussView构建分子模型的一些高级技巧。本文将进一步展示一个应用实例:利用GaussView 纯手工搭建富勒烯C20分子。本文所使用的版本是GaussView 3。

我们首先构造一个具有D5h对称性的五元环,方法见前文(系列1)中第二个例子(构造二茂铁)。然后我们点一下复制工具,然后在同窗口中粘贴(注意选择第二种粘贴方式:“Append Molecule”)。然后在复制出来的新五元环的两个C原子上用B原子取代掉(着色技巧,技巧7),如下图所示。

gaussviewgaussview

然后按下图将分属两个五元环上的两个原子进行合并(技巧7):

GaussView

作者或出品公司: 
Gaussian Inc.
最新版本: 
6.0
评分: 
5

GaussView是Gaussian的图形用户界面,用于观察分子,设置和提交Gaussian计算任务,显示结果。

GaussViewGaussView
GaussView 2.0功能:
  (1) 简单快速地构造分子
  可以使用原子,环,基团和氨基酸;从其它程序获取结构;对PDB文件自动加氢;用鼠标检查和修改结构参数;放大和缩小功能;平滑地三维旋转,即使是对大分子;四种显示模式:线形,管型,球棍,以及连接球。

倒易空间、波矢与衍射条件

1. 傅立叶展开与倒易空间

我们知道,晶体具有周期性的结构,由此使得其许多性质在某些方向上也具有周期性,例如原子核的位置的周期性排列产生了周期性的离子实势场。因此,如果要研究晶体中的电子的运动,就必须要研究这种周期性的离子实势场。所以,我们首先要处理的就是周期性函数。而傅立叶(Fourier, 17681830)在他的1807年的论文《固体中的热传导》中所提出傅立叶级数方法就是处理周期性函数的强大工具。值得一提的是,这个方法在当时曾引起争议,LagrangeLaplace 一直持保留态度。后来经过PoissonCauchy,直至Dirichlet的努力,傅立叶的方法才最终令人信服地被人接受。

系综小结

系综(ensemble) 是指在一定的宏观条件下(约束条件),大量性质和结构完全相同的、处于各种运动状态的、各自独立的系统的集合。全称为统计系综。系综是用统计方法描述热力学系统的统计规律性时引入的一个基本概念;系综是统计理论的一种表述方式,系综理论使统计物理成为普遍的微观统计理论 ;系综并不是实际的物体,构成系综的系统才是实际物体。

约束条件是由一组外加宏观参量来表示。在平衡统计力学范畴下,可以用来处理稳定系综。

一、常用系综分类

根据宏观约束条件,系综被分为以下几种:

1. 正则系综(canonical ensemble),全称应为“宏观正则系综”,简写为NVT,即表示具有确定的粒子数(N)、体积(V)、温度(T)。正则系综是蒙特卡罗方法模拟处理的典型代表。假定N个粒子处在体积为V的盒子内,将其埋入温度恒为T的热浴中。此时,总能量(E)和系统压强(P)可能在某一平均值附近起伏变化。平衡体系代表封闭系统,与大热源热接触平衡的恒温系统。正则系综的特征函数是亥姆霍兹自由能FN,V,T)。

 

分子轨道理论简介

我们把原子通过共用电子对结合的化学键成为共价键(covalent bond)。路易斯(G.N.Lewis)曾经提出原子共用电子对成键的概念,也就是俗称的“八隅律”(高中阶段也只是停留于此) 然而,我们知道很多现实情况都无法用八隅率解释,包括:PCl5,SCl6分子。更重要的是,八隅率从来没有本质上说明共价键的成因:为什么带负电荷的两个分子不会排斥反而是互相配对? 

随着近代的量子力学(quantum mechanics)的建立,近代形成了两种现代共价键理论,即是:现代价键理(valence bond theory)简称VB(又叫作电子配对法)以及分子轨道理论(molecular orbital theory)简称MO。价键理论强调了电子对键和成键电子的离域,有了明确的键的概念。也成功的给出了一些键的性质以及分子结构的直观图像。但是在解释 H2+氢分子离子的单电子键的存在以及氧分子等有顺磁性或者大∏键的某些分子结构时感到困难。而分子轨道理论可以完美的进行解释,这里我就主要阐述MO法 的相关理论。 

洪特(Hund)和密里肯(R.S Mulliken)等人提出了新的化学键理论,即是分子轨道理论。这是人们利用量子力学处理氢分子离子而发展起来的。 

能带结构中部分概念的理解小结

本文是关于能带结构概念部分学习的小结,不保证理解准确,欢迎高中低手们批评指教,共同提高。能带结构是目前采用第一性原理(从头算abinitio)计算所得到的常用信息,可用来结合解释金属、半导体和绝缘体的区别。能带可分为价带、禁带和导带三部分,导带和价带之间的空隙称为能隙,基本概念如图1所示。能带图能带图

GAUSSRATE

作者或出品公司: 
不详
最新版本: 
2009
评分: 
2

GAUSSRATE具有到POLYRATE和GAUSSIAN 94/98的接口,使用GAUSSIAN 94/98的电子结构方法计算势能曲面,用POLYRATE进行动力学计算。GAUSSRATE用于执行多原子分子(以及原子和双原子分子)气相化学反应速率的动力学计算。

同步内容