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Niedoida

作者或出品公司: 
不详
最新版本: 
0.31
评分: 
3

简介  
Niedoida是一个用于一般目的的量子化学程序包,目前尚未正式发布。计算使用Gaussian基组,以后也可能会加入Slater基组。

功能  
1. 方法:RHF,UHF,ROHF(Longuet-Higgins-Pople近似),CIS,MP2
2. 计算的特性:能量,分子轨道,布居分析(Mulliken,Löwdin),键级(Mayer,Gopinathan-Jug,Nalewajski-Mrozek)
3. 进行中:识别和使用点群对称性;数值积分和DFT;分子片

LocalSCF

作者或出品公司: 
不详
最新版本: 
2.1
评分: 
3

简介  
LocalSCF程序是在超大蛋白质体系的量子力学模拟方面的一次突破。首次使大型的(原子数在100,000以上)、复杂的真实蛋白质体系能够在PC机上实现量子化学计算,在量子力学的理论级别进行蛋白质模拟需求的硬件资源少,计算相当快。可以免费一个月试用。

Reimers' CNDO/INDO

作者或出品公司: 
不详
最新版本: 
不详
评分: 
3

悉尼大学J. R. Reimers博士编写的半经验量子化学计算程序,用于实现CNDO/S,CNDO/2,INDO,INDO/S,PPP计算。程序执行(闭壳层和开壳层)RHF参考,以及多参考CI激发态计算。支持过渡金属。在CI前需要做轨道局域化。程序不支持几何优化。

AIMALL

作者或出品公司: 
不详
最新版本: 
17.01.25
评分: 
4

简介  
AIMAll基于AIMPAC,对分子体系执行“分子中的原子”分析。“标准运行模式”可以免费申请,限制为10个以下的原子,200个以下的原函数。“专业运行模式”无限制,需要购买许可文件。

功能  
程序使用3种波函文件格式:Gaussian 03/09或GAMESS产生的WFN文件,Gaussian09产生的或程序转化的WFX文件,以及Gaussian 03/09产生的格式化检查点文件。
纯函数到笛卡尔函数的自动转化。
图形化接口AIMStudio。
波函限制为S-,P-,D-,F-,G-,H-Gaussian基函数类型。
支持ECP(需要WFX波函文件格式)。
不支持半经验计算的波函。
 

拟牛顿法及相关讨论

使用导数的最优化算法中,拟牛顿法是目前为止最为行之有效的一种算法,具有收敛速度快、算法稳定性强、编写程序容易等优点。在现今的大型计算程序中有着广泛的应用。本文试图介绍拟牛顿法的基础理论和若干进展。

VIBRON

最新版本: 
不详
评分: 
3

简介  
绝热和透热核动力学程序,用于模拟电子光谱,包括UV/VIS吸收谱,共振拉曼和圆二色谱。具有到ADF和ACES II的接口,可以用TDDFT或EOM-CC获得激发能。

VIBROT

最新版本: 
不详
评分: 
3

简介  
由理论计算的双原子分子势能曲线,计算振-转光谱的程序包。使用了刚性转子和Born-Oppenheimer近似。

Viewmol

最新版本: 
2.4.1
评分: 
3

简介  
Viewmol是一个开源的计算化学程序图形前端。可以用它产生用于计算的分子结构并显示计算结果。商业软件MAPS的显示就是基于Viewmol。

功能  
创建和编辑分子
用线图、棒图、球棍和CPK模型显示分子结构
跟踪几何优化或MD轨迹
动画显示简谐振动,并可保存为电影文件
绘制IR,Raman和非弹性中子散射谱
绘制MO能级或态密度
绘制基函数,分子轨道和电子密度
绘制指定格点的特性
对于某一构型,显示作用于每一原子的力
计算分子的热力学量
显示结果可保存为TIFF,PNG,HPGL或PostScript文件
到Povray的接口
内嵌的Python解释程序用于自动控制
支持大量的输入输出格式,并且用户也可很容易地添加。目前支持的有:Gaussian输出,Discover文件,DMol3输出,Gamess输出,Gulp输出,Mopac输出,PDB文件,PQS输出,Turbomole文件,以及OpenBabel支持的分子结构

ViewMol3D

最新版本: 
4.3.4
评分: 
3

简介  
ViewMol3D是基于OpenGL的3D图形系统,用于显示分子。ViewMol3D支持多种量子化学程序的输出。

功能  
1. 显示分子结构。
2. 跟踪结构优化或MD轨迹。
3. 显示简正振动模式。
4. 显示每个原子受力。
5. 图片保存为BMP/PNG。
6. 支持的文件格式有:Gaussian 9x/03输出文件,GAMESS(US)/PC GAMESS输出文件,MOPAC/AMPAC输出文件,笛卡尔坐标的XYZ文件,Tripos Alchemy MOL文件。

Vigyaan

最新版本: 
1.0
评分: 
3

简介  
Vigyaan是生物信息学,计算生物学和计算化学的电子工作平台。Vigyaan发布的Vigyaan CD可作为启动光盘,包含了Linux下的所有必备模拟计算软件,用户无需安装这些软件,也不需要安装Linux。
VigyaanCD目前包含的软件有:Arka/GP,Artemis,Bioperl,BLAST (NCBI-tools),ClustalW/ClustalX,Cn3D,EMBOSS tools,Garlic,Glimmer,GROMACS,Ghemical,GNU R,Gnuplot,GIMP,ImageMagick,Jmol,MPQC,MUMer,NJPlot,Open Babel,Octave,PSI3,PyMOL,Ramachandran plot viewer,Rasmol,Raster3D,Seaview,TINKER,XDrawChem,Xmgr,和Xfig。此外还包括GNU C/C++/Fortran编译器和其它的Linux工具(如ps2pdf)。还可以运行GAMESS程序,但需要用户自己申请和安装。

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